2013年，国家禽流感参考实验室被认定为联合国粮农组织动物流感参考中心（FAO Reference Centre for Animal Influenza）。

实验室严格履行FAO参考实验室职责，承担中国及相关成员国动物流感（主要为禽流感、猪流感）流行病学监测、分析评估、诊断技术与疫苗研发、疫情确诊、防控建议提出、信息交流和国际技术援助等工作。

实验室积极参与FAO相关的国际及国内事务，充分发挥了FAO参考实验室的积极作用，自主研发、更新防控疫苗及诊断技术，研制的禽流感疫苗在中国及越南、印度尼西亚、埃及等“一带一路”国家应用超3000亿羽份，提高了我国在动物流感防控研究方面的国际地位和影响力，为全球动物流感防控提供了监测、研究平台与技术保障。