国家禽流感参考实验室（National Avian Influenza Reference Laboratory）依托我所动物流感基础与防控研究创新团队建立。实验室立足于国家动物流感防控的重大需求，在我国系统地开展动物流感流行病学监测和疫情诊断；围绕自然界存在的动物流感病毒进化、变异、致病和传播机制等重要科学问题，进行系统研究；开展以高效疫苗和新型诊断技术为主的防控技术研究。该实验室是国际上少有的能够同时开展高水平的流行病学、病原学基础及防控技术创新性研究的动物流感研究团队。

实验室自2002年成立以来，取得了大量具有国际影响的重要研究发现和创新成果，相关研究成果获国家科技进步一等奖1项、国家技术发明二等奖1项和国家自然科学二等奖2项（2013年、2019年）。研制的系列H5/H7禽流感疫苗在国内外推广应用超过3000亿羽份，为我国和相关国家禽流感防控作出了突出贡献，赢得了广泛的国际赞誉。实验室还肩负着为全球动物流感防控提供技术支持的国际责任，为越南、蒙古、朝鲜、印尼、泰国、埃及、苏丹等十几个亚非国家提供禽流感防控的技术支持、培训，深入相关国家执行禽流感防控的国际援助任务，为该地区国家的禽流感防控作出了巨大贡献。